分子動力学専用計算機を使ったシミュレーションの生命科学への応用を進めています。大規模なシミュレーションによる巨大生体分子の機能解析のためには、MDGRAPE-3の高性能が大いに役立ちます。また、野生型と変異型のタンパク質(プリオン・HIVプロテアーゼ・Rasなど)のシミュレーションを行って比較することにより、プリオン病・HIV・ガンなどの疾病の発病機構を調べることができます。